Re: [R] Help on Installing Matrix Package in Linux (Fedora)

From: Hyunseung Kang <anc_hk_at_yahoo.com>
Date: Thu, 10 Jul 2008 11:17:17 -0700 (PDT)


I did a search on my system and it seems like R.h and the other files are not on the system. Also, CRAN or a google search does not seem to have any relevant info about these files.

Here's the most relevant one in regards to Rversion.h:

[Rd] Rversion.h ripley_at_stats.ox.ac.uk ripley_at_stats.ox.ac.uk Thu, 2 May 2002 11:33:47 +0100 (BST)

Our current intention is to no longer include Rversion.h from R.h as from R 1.6.0 (which is months away).

Package maintainers when revising code might like to check if they actually use Rversion.h, and if so include it explicitly.

I did a quick grep through the CRAN packages, and in all but one case (mda) the test is for R < 1.2.0, so it may be simplest just to tidy up and add `Depends: R (>= 1.2.0)' to the DESCRIPTION file.

-- 
Brian D. Ripley,                  ripley_at_stats.ox.ac.uk
Professor of Applied Statistics,  http://www.stats.ox.ac.uk/~ripley/
University of Oxford,             Tel:  +44 1865 272861 (self)
1 South Parks Road,                     +44 1865 272860 (secr)
Oxford OX1 3TG, UK                Fax:  +44 1865 272595

-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-
r-devel mailing list -- Read http://www.ci.tuwien.ac.at/~hornik/R/R-FAQ.html
Send "info", "help", or "[un]subscribe"
(in the "body", not the subject !)  To: r-devel-request_at_stat.math.ethz.ch
For Rdefines.h and R.h, they're aren't any good documentation.

Any help on this would be greatly appreciated.
-Hyunseung Kang



----- Original Message ----
From: Krzysztof Sakrejda-Leavitt <krzysztof.sakrejda_at_gmail.com>

Cc: r-help_at_r-project.org
Sent: Wednesday, July 9, 2008 6:11:04 PM
Subject: Re: [R] Help on Installing Matrix Package in Linux (Fedora)

Maybe I am wrong about this, but I think your problem is actually:

Mutils.h:9:41: error: R.h: No such file or directory
Mutils.h:10:22: error: Rversion.h: No such file or directory
Mutils.h:11:56: error: Rdefines.h: No such file or directory

I think these are important files for compiling additional packages, 
especially since the rest of your errors look like they are from missing 
definitions.

I would do one of the locate/find flavor of commands and see where the 
R.h/etc... files are, then make sure your include path is set 
correctly... maybe check in Mutils.h for the lines which are supposed to 
include the R.h/etc files... to see if they will work for your system.

hth,

Krzysztof


Hyunseung Kang wrote:
> Hi, 
>
> I have been trying to install the Matrix package on R running in Linux (Fedora). But, I get the following error message (at the bottom). I am logged[[elided Yahoo spam]]
> -Hyunseung Kang
>
> * Installing *source* package 'Matrix' ...
> Using  GNU make  for building the package
> ** libs
> ** arch - 
> gcc -m32 -std=gnu99 -I/usr/include/R  -I/usr/local/include   -I./UFconfig -fpic  -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m32 -march=i386 -mtune=generic -fasynchronous-unwind-tables -c CHMfactor.c -o CHMfactor.o
> In file included from CHMfactor.h:4,
>                  from CHMfactor.c:2:
> Mutils.h:9:41: error: R.h: No such file or directory
> Mutils.h:10:22: error: Rversion.h: No such file or directory
> Mutils.h:11:56: error: Rdefines.h: No such file or directory
> In file included from CHMfactor.h:4,
>                  from CHMfactor.c:2:
> Mutils.h:32: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡triangularMatrix_validate¢
> Mutils.h:33: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡symmetricMatrix_validate¢
> Mutils.h:34: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡dense_nonpacked_validate¢
> Mutils.h:54:49: error: missing binary operator before token "("
> Mutils.h:59: error: expected ¡)¢ before ¡obj¢
> Mutils.h:60: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡set_double_by_name¢
> Mutils.h:61: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡as_det_obj¢
> Mutils.h:62: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡get_factors¢
> Mutils.h:63: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡set_factors¢
> Mutils.h:72: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡Matrix_make_named¢
> Mutils.h:73: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡check_scalar_string¢
> Mutils.h:74: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡equal_string_vectors¢
> Mutils.h:76: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
> Mutils.h:77: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
> Mutils.h:78: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
> Mutils.h:79: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
> Mutils.h:81: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡Matrix_getElement¢
> In file included from Mutils.h:99,
>                  from CHMfactor.h:4,
>                  from CHMfactor.c:2:
> Syms.h:2: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡Matrix_DimNamesSym¢
> In file included from CHMfactor.h:4,
>                  from CHMfactor.c:2:
> Mutils.h:149: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡int¢
> Mutils.h:178: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡SEXP¢
> Mutils.h:197: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡int¢
> Mutils.h:215: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡Rboolean¢
> Mutils.h:226: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
> Mutils.h:227: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
> Mutils.h:229: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
> Mutils.h:230: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
> Mutils.h:232: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡Matrix_expand_pointers¢
> Mutils.h:234: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡dup_mMatrix_as_dgeMatrix¢
> Mutils.h:235: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡dup_mMatrix_as_geMatrix¢
> Mutils.h:237: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡new_dgeMatrix¢
> Mutils.h:238: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡m_encodeInd¢
> Mutils.h:239: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡m_encodeInd2¢
> Mutils.h:242: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡SEXP¢
> Mutils.h:248: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡SEXP¢
> Mutils.h:263: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡int¢
> In file included from CHMfactor.h:5,
>                  from CHMfactor.c:2:
> chm_common.h:19: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
> chm_common.h:20: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
> chm_common.h:21: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
> chm_common.h:22: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
> chm_common.h:24: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡SEXP¢
> chm_common.h:35: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡chm_factor_to_SEXP¢
> chm_common.h:36: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡chm_sparse_to_SEXP¢
> chm_common.h:38: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡chm_triplet_to_SEXP¢
> chm_common.h:40: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡chm_dense_to_SEXP¢
> chm_common.h:42: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡chm_dense_to_matrix¢
> chm_common.h:44: error: expected declaration specifiers or ¡...¢ before ¡Rboolean¢
> chm_common.h:46: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡CHMfactor_validate¢
> chm_common.h:47: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡CHMsimpl_validate¢
> chm_common.h:48: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡CHMsuper_validate¢
> In file included from CHMfactor.c:2:
> CHMfactor.h:7: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡CHMfactor_ldetL2¢
> CHMfactor.h:8: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡CHMfactor_to_sparse¢
> CHMfactor.h:9: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡CHMfactor_solve¢
> CHMfactor.h:10: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡CHMfactor_spsolve¢
> CHMfactor.h:11: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡CHMfactor_update¢
> CHMfactor.h:12: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡CHMfactor_ldetL2up¢
> CHMfactor.c:4: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡CHMfactor_to_sparse¢
> CHMfactor.c:20: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡CHMfactor_solve¢
> CHMfactor.c:37: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡CHMfactor_spsolve¢
> CHMfactor.c: In function ¡chm_factor_ldetL2¢:
> CHMfactor.c:72: warning: implicit declaration of function ¡log¢
> CHMfactor.c:72: warning: incompatible implicit declaration of built-in function ¡log¢
> CHMfactor.c:72: warning: implicit declaration of function ¡fabs¢
> CHMfactor.c:72: warning: incompatible implicit declaration of built-in function ¡fabs¢
> CHMfactor.c:82: warning: implicit declaration of function ¡error¢
> CHMfactor.c:85: warning: incompatible implicit declaration of built-in function ¡log¢
> CHMfactor.c: At top level:
> CHMfactor.c:91: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡CHMfactor_ldetL2¢
> CHMfactor.c:122: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡CHMfactor_update¢
> CHMfactor.c:132: error: expected ¡=¢, ¡,¢, ¡;¢, ¡asm¢ or ¡__attribute__¢ before ¡CHMfactor_ldetL2up¢
> make: *** [CHMfactor.o] Error 1
> ERROR: compilation failed for package 'Matrix'
> ** Removing '/usr/lib/R/library/Matrix'
>
>
>      
>     [[alternative HTML version deleted]]
>
>  
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> and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
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	[[alternative HTML version deleted]]


______________________________________________ R-help_at_r-project.org mailing list https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.

Received on Thu 10 Jul 2008 - 18:22:32 GMT

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Archive generated by hypermail 2.2.0, at Thu 10 Jul 2008 - 19:32:10 GMT.

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